Thủ tướng đã đồng ý với kế hoạch thanh tra năm 2016 của Thanh tra Chính phủ. Theo đó, năm 2016, cơ quan này tiến hành các cuộc thanh tra lớn liên quan đến nhiều lĩnh vực.
Cụ thể, thanh tra về thực hiện pháp luật thanh tra, tiếp dân, khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng với chủ tịch UBND 6 tỉnh Bắc Ninh, Ninh Bình, Quảng Nam, Kon Tum, Tây Ninh, Bình Thuận.
Thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản, cổ phần hóa, thoái vốn và tái cơ cấu tại Tập đoàn Dệt may và Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam; Trách nhiệm quản lý Nhà nước và thực hiện quản lý các dự án đê điều tại Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Việc chấp hành chính sách, pháp luật tại Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam, Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội và Ngân hàng Phát triển Việt Nam.
Thanh tra trách nhiệm quản lý tài chính, tài sản được Nhà nước giao giai đoạn 2011 - 2015 tại Viện Hàn lâm khoa học và công nghệ Việt Nam; Trách nhiệm trong việc tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy, quản lý tài chính và thực hiện các dự án giai đoạn 2013 - 2015 tại Đại học Quốc gia Hà Nội.
Bên cạnh đó, có 3 cuộc thanh tra nằm trong kế hoạch năm 2015 nhưng chưa thực hiện và chuyển sang thực hiện vào năm 2016, gồm: chấp hành chính sách, pháp luật trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản, cổ phần hóa, thoái vốn và tái cơ cấu tại Tập đoàn Dệt may Việt Nam; chấp hành pháp luật trong phòng, chống buôn lậu, thực hiện pháp luật về thuế đối với hành hóa xuất nhập khẩu và công tác đầu tư, mua sắm tài sản tại Tổng cục Hải quan và các đơn vị trực thuộc; thực hiện đề án “Củng cố và phát triển hệ thống trường phổ thông dân tộc nội trúc giai đoạn 2011 - 2015” của Bộ Giáo dục và Đào tạo và một số trường đại học.
