Sau khi giành chức vô địch Champions League mùa giải 2003/04 cùng Porto, HLV Mourinho được tỷ phú Abramovich đưa về Chelsea. Ở thời điểm đó, nhà cầm quân người Bồ Đào Nha nhận mức lương cao nhất thế giới 4,2 triệu bảng/mùa. Trong buổi họp báo ra mắt Chelsea, HLV Mourinho tuyên bố gây sốc: "Đừng gọi tôi là kẻ kiêu ngạo. Tôi là nhà vô địch châu Âu, và tôi nghĩ tôi là người đặc biệt". Từ đó, biệt danh "người đặc biệt" được dành cho Jose Mourinho.

 HLV Mouirnho giành danh hiệu đầu tiên cùng Chelsea khi lên ngôi ở Carling Cup mùa giải 2004/05. Trong trận chung kết, CLB chủ sân Stamford Bridge đã đánh bại Liverpool. Ở trận này, nhà cầm quân người Bồ Đào Nha gây chú ý khi có hành động ám chỉ những kẻ chỉ trích mình hãy im lặng.

 Trong trận đấu ở vòng 1/16 Champions League diễn ra vào tháng 3/2005, HLV Mourinho chỉ trích trọng tài Anders Frisk và vị thuyền trưởng khi đó của Barca, Frank Rijkaard. Sau sự kiện này, HLV Mourinho bị xem là kẻ thù của trọng tài. Sau trận gặp Barca, chiến lược gia người Bồ Đào Nha bị cấm chỉ đạo 2 trận.

 Chelsea của HLV Mourinho đã phải dừng bước ở bán kết Champions League mùa giải 2004/05 sau khi Luis Garcia lập công giúp Liverpool giành chiến thắng. Sau trận đấu, Jose Mourinho miêu tả pha làm bàn của Garcia là "Bàn thắng đến từ mặt trăng".

 Hai pha lập công của Lampard giúp Chelsea đánh bại Bolton 2-0 trong trận đấu diễn ra vào tháng 4/2005. Đây là chức vô địch bóng đá Anh đầu tiên của Chelsea sau 50 năm chờ đợi. Chiến tích này giúp nhà cầm quân người Bồ Đào Nha được tăng lương thêm 1 triệu bảng/mùa, lên 5,2 triệu bảng/mùa chỉ sau 1 năm dẫn dắt Chelsea.

 Tháng 10/2005, HLV Jose Mourinho và Arsene Wenger của Arsenal có cuộc khẩu chiến. Nhà cầm quân người Bồ Đào Nha gọi đồng nghiệp bên phía Arsenal là "kẻ thọc mạch". Sau đó, HLV Wenger đã bình luận về Jose Mourinho là người "thiếu tôn trọng" và "ngu ngốc". Cuộc chiến giữa hai nhà cầm quân này chỉ lắng xuống khi Liên đoàn bóng đá Anh và ban lãnh đạo Chelsea, Arsenal có sự can thiệp.

 Sau khi cùng Chelsea bảo vệ thành công chức vô địch Premier League ở mùa giải 2005/06, HLV Jose Mourinho có cách ăn mừng khá đặc biệt khi ném huy chương và áo khoác của mình về phía khán giả. Kết thúc mùa giải 2005/06, Jose Mourinho được bầu chọn HLV xuất sắc nhất mùa giải.

 Trận chung kết đầu tiên trên sân Wembley mới, Chelsea đã giành chức vô địch Cúp FA 2007 khi đánh bại MU với tỷ số 1-0. Cầu thủ xuất sắc nhất trận này thuộc về tiền vệ Frank Lampard. Đây cũng là danh hiệu cuối cùng của HLV Jose Mourinho với Chelsea ở nhiệm kỳ đầu tiên.

 Sau khi Chelsea đánh bại Birmingham vào tháng 8/2007, HLV Jose Mourinho giúp CLB chủ sân Stamford Bridge lập kỷ lục với thành tích bất bại 64 trận liên tiếp trên sân nhà Stamford Bridge.

 Một ngày sau khi phê phán tỷ phú Abramovich không đưa về Chelsea những cầu thủ chất lượng, HLV Jose Mourinho đã bị sa thải. Đây là sự kiện chấm dứt nhiệm kỳ 3 năm của nhà cầm quân người Bồ Đào Nha ở sân Stamford Bridge.