Theo đại diện huyện Tuần Giáo, nguyên nhân chính được xác định là do một gia đình trú tại thị trấn Tuần Giáo đã đắp đất ngăn khe suối Huổi Củ để làm ao nuôi cá.
Phía trên ao là khe suối dài khoảng gần 800 m. Phía sau ao này còn hệ thống 35 ao thả cá của 23 hộ dân trên địa bàn.
Khe Huổi Củ trước đây là suối, do lượng nước giảm, lại bị một số hộ dân lấn chiếm, xây dựng công trình làm thu hẹp dòng chảy. Khi lượng nước đổ về quá lớn, bờ ao của gia đình trên bị vỡ.
Lượng nước bất ngờ đổ xuống phía dưới, kéo theo toàn bộ hệ thống ao phía sau bị vỡ, từ đó khiến cho một lượng nước rất lớn từ trên núi cao đổ về thị trấn, cách đó 2,5 km, gây nên lũ ống cục bộ tại khu vực này.
