Mặc dù chỉ mới ra mắt được 2 tuần, nhưng Galaxy Note 5 lại gặp sự cố khá nghiêm trọng khiến nhiều người thất vọng, điều này bắt nguồn từ chiếc bút S Pen bị cắm ngược. Samsung đã thay đổi thiết kế của bút S Pen trên Note 5 với việc trang bị thêm một nút bấm lò xo ở cạnh dưới của bút giúp việc lấy bút ra khỏi thiết bị một cách dễ dàng hơn.
Thiết kế này lại khiến bút S Pen trên Note 5 có thể cắm vào bất cứ đầu nào. Tuy nhiên, với thiết kế thuôn dài và nhỏ dần ở phần đầu bút, S Pen mới trên Note 5 khi bị cắm ngược sẽ chui vào trong thân máy và không thể lấy ra. Ngoài ra, bộ cảm biến nằm ở phần bút S Pen cũng sẽ bị hư hỏng khi người dùng cố gắng lấy bút khỏi máy.
Sự cố đã khiến Samsung bị nhiều chỉ trích từ phía người dùng vì đã không lường trước được sự việc này sẽ xảy ra trên một chiếc điện thoại cao cấp, ngay sau đó thì Samsung đã phản hồi lại với lý do đến từ phía người dùng đã... không đọc kỹ sách hướng dẫn sử dụng khi mua máy.
Mới đây một đoạn video trên YouTube đã hướng dẫn người dùng cách lấy bút S Pen bị cắm ngược ra khỏi Note 5 an toàn mà không làm hư hại phần cảm biến của thiết bị. Về cơ bản, người dùng cần tháo phần mặt lưng của Note 5 ra để lộ phần bút S Pen bị cắm ngược, sử dụng một miếng giấy được uốn cong sao cho vừa với khay cắm bút S Pen, tiếp theo cho miếng giấy vào khay cắm bút để nâng phần cảm biến lên khỏi bút. Người dùng cần sự khéo léo để có thể lấy bút ra khỏi thiết bị an toàn.