Các nguồn gây ô nhiễm chính gồm nước thải chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn từ sản xuất công nghiệp, làng nghề, nước thải sinh hoạt, nông nghiệp. Tỷ lệ này ở Việt Nam còn rất cao.
Tổng lượng nước thải các khu công nghiệp toàn quốc khoảng trên 3 triệu m3/ngày đêm nhưng 70% (khoảng hơn 2 triệu m3) chưa qua xử lý, xả thẳng ra môi trường gây hậu quả ngày càng nghiêm trọng.
Nước thải bệnh viện (loại nước thải có chứa rất nhiều chất hữu cơ và là ổ vi trùng gây bệnh) cũng được xử lý ở tỷ lệ thấp.
Cả nước có khoảng 13.674 cơ sở y tế với 1.253 bệnh viện, 1.037 cơ sở dự phòng, 11.104 trạm y tế xã, thải ra trung bình 150.000 m3/ngày đêm. Tuy nhiên, khoảng 46% số bệnh viện chưa có hệ thống xử lý nước thải.
