Bên cạnh đó, Bộ VH-TT&DL cũng đề nghị UBND TP Hà Nội kiểm tra phương án thi công so với bản vẽ đã được phê duyệt để xác định có hay không việc xâm hại đến khu di sản. TP Hà Nội cũng cần phải chỉ đạo Trung tâm Bảo tồn di sản Thăng Long - Hà Nội cử cán bộ giám sát các hoạt động xây dựng có khả năng ảnh hưởng tới di sản.
Bộ VH-TT&DL đề nghị phía Ban quản lý dự án nhà Quốc hội và hội trường Ba Đình trước mắt cần dọn vệ sinh và đảm bảo phần đất thuộc diện tích của khu di sản luôn sạch sẽ, nghiên cứu điều chỉnh phương án tổ chức thi công để không làm ảnh hưởng tới khu di sản, dịch chuyển các container, nhà vệ sinh vào vị trí phù hợp. Ngoài ra, Bộ VH-TT&DL cũng đề nghị các bên tổ chức họp vào đầu tháng 8 để thống nhất phương án khắc phục.
Trước đó ngày 18/7, ba hội Khoa học lịch sử VN, Di sản văn hóa VN, Khảo cổ học VN đã cùng ký tên vào bản kiến nghị khẩn cấp gửi Thủ tướng Chính phủ về việc bảo vệ di sản thế giới khu trung tâm Hoàng thành Thăng Long - Hà Nội.
Các nhà khoa học nhận định với tác động của công trình xây dựng nhà Quốc hội và hội trường Ba Đình mà không có sự giám sát của cơ quan bảo tồn, các di sản khảo cổ học ở hai hố C-D đã bị xâm hại cực kỳ nghiêm trọng, vật liệu xây dựng, nhà vệ sinh để ngổn ngang trên mặt bằng di sản, hố khảo cổ học bị ngập nước.