Trong cơ thể chúng ta có một lượng khổng lồ các vi khuẩn sinh sống, khoảng 100 triệu tất cả. Chúng nhiều hơn số lượng tế bào có trong cơ thể và đến từ hơn 400 loài khác nhau, hầu hết ở trong đường tiêu hóa. Khoảng 1/3 vật chất trong phân là vi khuẩn.

Các loại vi khuẩn này đa số không phải là ký sinh trùng, chúng là những người bạn đồng hành trong suốt cuộc đời chúng ta, nếu thiếu chúng, chúng ta không thể tồn tại. Chỉ vài ngày sau khi ra đời, đường tiêu hóa đã chứa vô vàn vi sinh vật. Các loài vi sinh vật “thân thiện” này tạo nên môi trường trong cơ thể, giúp nuôi dưỡng, bảo vệ chúng ta khỏi bệnh tật và đảm bảo chức năng của đường ruột. Chúng sản xuất các loại vitamin như niacin (B-3), pyridoxine (B-6), K, axit folic và biotin. Chúng sản xuất enzyme lactase, cần thiết cho tiêu hóa sữa và các sản phẩm từ sữa. Chúng sản xuất các chất kháng khuẩn giúp tiêu diệt hoặc vô hiệu hóa vi khuẩn, vi-rút và nấm men gây bệnh. Một số vi khuẩn có tính kháng ung thư, giúp bảo vệ chúng ta khỏi ung thư.

Tuy nhiên, tồn tại cùng lợi khuẩn là những vi sinh vật gây hại. Chỉ cần chúng ta cung cấp dinh dưỡng tốt cho vi khuẩn có lợi và tránh sử dụng một số loại thuốc, chúng sẽ đông đảo hơn và giúp ta khống chế các loài vi sinh vật không tốt, ngăn chúng gây hại. Nếu các vi sinh vật gây hại phát triển ngoài tầm kiểm soát vì lý do nào đó, chúng có thể gây nên nhiều triệu chứng khác nhau, từ khó chịu đến tử vong. Các tình trạng có liên quan đến mất cân bằng môi trường trong đường tiêu hóa bao gồm hay nhiễm bệnh, táo bón, tiêu chảy, nhiễm nấm candida, vảy nến, viêm da cơ địa, mụn trứng cá, dị ứng, nhức đầu, gút, thấp khớp, viêm bàng quang, viêm đại tràng, bệnh Crohn, hội chứng ruột kích thích, mệt mỏi mạn tính, cáu gắt, trầm cảm, mất cân bằng hormone, viêm loét và một vài loại ung thư. Có thể bạn sẽ ngạc nhiên khi biết rằng sự phát triển quá mức của các vi khuẩn có hại trong đường tiêu hóa có thể gây ra rất nhiều vấn đề và ảnh hưởng đến rất nhiều bộ phận khác nhau của cơ thể.