Theo Bộ Tài chính, đề xuất miễn thuế nhà thầu khoảng 133 tỷ đồng là không có căn cứ pháp lý, đề xuất miễn khoảng 65,5 tỷ đồng tiền thuế nhập khẩu vật tư, thiết bị cho dự án này cũng không được chấp nhận do dự án đã được hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu với thiết bị trước đó.
Với khoản vay tại Ngân hàng Phát triển VN, Bộ Tài chính không đồng ý cho xóa nợ tiền lãi vay trong thời gian dừng thi công, điều chỉnh thời gian cho vay cũng như thời gian trả nợ, đồng thời đề nghị chủ đầu tư chi trả nợ theo quy định nhằm đảm bảo yêu cầu an toàn nợ công.
Trước đó, Bộ Công Thương đã có văn bản đề nghị miễn thuế nhập khẩu, thuế nhà thầu, khoanh nợ gốc, miễn 100% lãi vay trong thời gian dự án dừng thi công (từ tháng 7/2012 đến hết tháng 3/2016) với số tiền ước tính khoảng 386 tỷ đồng... nhằm tạo điều kiện cho dự án này sớm tái hoạt động sau khoảng bốn năm “trùm mền”.
