Ngoài ra, UBND TP có văn bản kiến nghị các bộ, ngành, trung ương hướng dẫn tiêu chí phân biệt các khoản thu phí, lệ phí và thu dịch vụ. Đồng thời, bổ sung một số loại phí, lệ phí mà Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn nhưng chưa có trong danh mục thu như phí lưu giữ, bảo quản tang vật, phương tiện vi phạm, lệ phí cấp phép quy hoạch, lệ phí xác nhận không có tiền án cho người lao động có thời hạn tại nước ngoài, lệ phí trong lĩnh vực xây dựng...
UBND TP cũng kiến nghị việc phân cấp nguồn thu phí, lệ phí như sau: Đối với danh mục phí, lệ phí thuộc thẩm quyền quyết định của HĐND TP nhưng Bộ Tài chính đã ban hành khung thu và mức thu thì phân cấp cho HĐND TP quyết định mức thu phù hợp với tình hình thực trạng kinh tế - xã hội trên địa bàn, không phụ thuộc vào khung mức thu của Bộ Tài chính. Còn đối với các khoản phí, lệ phí thuộc thẩm quyền quyết định của Chính phủ và các bộ, ngành, trung ương, TP được phân cấp quyết định một số khoản phí, lệ phí phù hợp với thực tiễn của địa phương.
