Theo Quyết định 56/QĐ-TTg, Ban chỉ đạo quốc gia về xây dựng các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt (BCĐ) được thành lập, trong đó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc trực tiếp đảm nhiệm vai trò trưởng ban chỉ đạo.
Phó thủ tướng Trương Hoà Bình làm Phó ban thường trực Ban chỉ đạo. Hai Phó ban chỉ đạo khác là ông Phạm Minh Chính, Trưởng Ban Tổ chức Trung ương và ông Uông Chu Lưu, Phó chủ tịch Quốc hội.
Bộ trưởng Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng cùng với Bộ trưởng Nội vụ Lê Vĩnh Tân được giao nhiệm Ủy viên thường trực Ban chỉ đạo quốc gia về xây dựng các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.
Ngoài ra, các ủy viên khác cũng được giao cho lãnh đạo các cơ quan, bộ, ngành, địa phương liên quan.
Theo quyết định, Ban chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng liên quan đến các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.
Thủ tướng cũng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực Ban chỉ đạo và thành lập Tổ giúp việc gồm đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số cơ quan liên quan.
Trong các hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên của Ban chỉ đạo thực hiện theo Quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo do Thủ tướng ban hành.
Kinh phí hoạt động của Ban chỉ đạo do ngân sách Nhà nước đảm bảo và được bố trí trong dự toán chi hoạt động hàng năm của Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.
Hiện, Chính phủ có kế hoạch xây dựng ba đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt tại Vân Đồn, Quảng Ninh; đặc khu Bắc Vân Phong tại Khánh Hòa và một đặc khu kinh tế khác là Phú Quốc tại tỉnh Kiên Giang. Dự thảo Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt cũng đã được Chính phủ trình Quốc hội tại kỳ họp cuối năm 2017 vừa qua. Theo đó, dự Luật sẽ tiếp tục được Quốc hội xem xét tại kỳ họp tháng 5/2018 tới đây.
