Năm học tới, ĐH Y Dược TP.HCM tăng 10% học phí đối với sinh viên trúng tuyển và nhập học từ năm 2020 đến năm 2022. Theo đó, học phí sẽ nằm trong khoảng từ 37 triệu đồng/năm học đến 77 triệu đồng/năm học, tùy ngành. Trong đó, ngành Răng Hàm Mặt có mức học phí cao nhất, lên đến 77 triệu đồng/năm học.
Bốn khối ngành có học phí thấp nhất (37 triệu đồng/năm học) bao gồm Phục hình răng; Dinh dưỡng, Y tế công cộng; các ngành thuộc khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật y học và cử nhân Điều dưỡng hệ liên thông cho bệnh viện ĐH Y Dược TP.HCM.
Đối với sinh viên trúng tuyển nhập học từ 2019 về trước, khối ngành bác sĩ Đa khoa, bác sĩ Răng Hàm Mặt, bác sĩ Y học dự phòng, bác sĩ Y học cổ truyền và Dược sĩ có mức học phí 2,45 triệu đồng/tháng x 10 tháng/năm học.
Khối ngành cử nhân các ngành Điều dưỡng - Kỹ thuật y học, cử nhân Phục hình răng, cử nhân Y tế công cộng và Dinh dưỡng thu học phí 1,85 triệu đồng/tháng x 10 tháng/năm học.
Ở bậc đào tạo sau ĐH, học phí đào tạo thạc sĩ, bác sĩ chuyên khoa I dao động trong khoảng 38,5-55 triệu đồng/năm học. Học phí đào tạo tiến sĩ, bác sĩ chuyên khoa II trong khoảng 44,8-52,8 triệu đồng/năm học.