Năm 2021, ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch xét tuyển gần 1.300 hồ sơ đăng ký vào 18 mã ngành thuộc 9 ngành đào tạo. Điểm trúng tuyển là tổng điểm tổ hợp môn B00 và điểm ưu tiên (nếu có).
Thí sinh đăng ký ngành Y khoa, Răng - Hàm - Mặt cần đạt mức điểm 26,35 đến 27,35, tùy mã ngành tuyển sinh. Ngoài ra, nhà trường yêu cầu thí sinh hai ngành này phải có điểm trung bình 5 học kỳ THPT đạt từ 7 trở lên.
Đối với ngành Khúc xạ nhãn khoa, nhà trường yêu cầu thí sinh phải có điểm kỳ thi tốt nghiệp THPT môn Tiếng Anh đạt từ điểm 7 trở lên. Điểm chuẩn ngành này là 24,7 đến 24,9.
Ngành Dược học cũng lấy mức điểm khá cao là 26,15-26,35. Theo sau đó là ngành Kỹ thuật xét nghiệm y học với mức điểm chuẩn là 25,6-25,7. Điểm của các ngành còn lại dao động từ 21,35 đến 24,9.
Điểm chuẩn của ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch không biến động nhiều so với năm 2020, thậm chí một số ngành giảm nhẹ. Ví dụ, điểm chuẩn ngành Y khoa năm 2020 là 26,25-27,5, tùy mã ngành tuyển sinh.
Năm 2021, ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch tuyển sinh bằng một phương thức là xét tuyển dựa trên kết quả thi tốt nghiệp THPT 2021. Trường tuyển 1.280 chỉ tiêu, trong đó 50% chỉ tiêu dành cho thí sinh có hộ khẩu TP.HCM, 50% còn lại dành cho thí sinh các tỉnh, thành ngoài thành phố.