Phân tích của các nhà nghiên cứu cho thấy quần thể sớm nhất của người hiện đại (Homo sapiens) đã xuất hiện từ 200.000 năm trước tại một khu vực thuộc Botswana, Namibia và Zimbabwe ngày nay.
Bản đồ bên trái cho thấy sự xuất hiện DNA của tổ tiên loài người trong quần thể được lấy mẫu. Điều này giúp xác định chính xác khu vực được coi là quê hương của tổ tiên loài người (hiển thị bên phải màu cam nhạt) nằm ở phía nam sông Zambezi, trung tâm phía bắc Botswana.
Ngày nay, khu vực này chỉ còn là một vùng đất khô cằn và bụi bặm với những bãi muối nằm rải rác. Thật khó tin rằng loài người hiện đại đã sống và phát triển tại vùng đất ngập nước này suốt 70.000 năm trước khi tổ tiên của chúng ta bắt đầu đi khám phá phần còn lại của châu Phi và sau cùng là thế giới.
Các nhà nghiên cứu xác định chính xác khu vực này bằng phương pháp nghiên cứu DNA ty thể, còn gọi là mitogenome (nguyên sinh). Không giống như DNA hạt nhân được di truyền từ cả người mẹ và người bố, DNA ty thể chỉ được di truyền từ người mẹ, đồng nghĩa với việc DNA không bị xáo trộn qua từng thế hệ.
Nếu người hiện đại chiếm một vị trí cụ thể trên cây phả hệ gia đình khổng lồ, thì về mặt logic, cần tìm ra các nhóm nguyên sinh đa dạng nhất ở chính gốc cây, bởi đó là nguồn gốc đầu tiên của tất cả các nhánh khác nhau.
Dữ liệu di truyền chỉ ra miền nam châu Phi là cái nôi của loài người (không giống như bằng chứng hóa thạch, hầu hết được tìm thấy ở Đông Phi), nhưng các nhà nghiên cứu muốn chắc chắn hơn, để xác định chính xác vị trí nơi loài người xuất hiện đầu tiên.
Để làm điều này, các nhà khoa học chuyển sang nghiên cứu một nhóm người được gọi là KhoeSan. KhoeSan có các nhóm nguyên sinh đa dạng nhất so với bất kỳ quần thể nào trên Trái Đất, nghĩa là DNA của họ gần giống với tổ tiên chung của loài người nhất. Nếu người hiện đại nằm trên phần cành của cây phả hệ loài người, thì KhoeSan chính là thân cây.
Về ngôn ngữ, người KhoeSan sử dụng tiếng click (có phụ âm click khi nói). Còn về văn hóa, họ là những người thợ rèn. Nhiều nhóm người San vẫn duy trì lối sống cũ như săn bắt, hái lượm.
Các nhà nghiên cứu đã dành cả thập kỷ để tìm hiểu các cộng đồng KhoeSan cũng như các nhóm dân tộc và ngôn ngữ khác tại Namibia và Nam Phi.
Bằng cách xây dựng khối dữ liệu nguyên sinh cho khoảng 200 nhánh phụ loại hiếm hoặc mới được khám phá của dòng dõi KhoeSan và hợp nhất chúng với tất cả dữ liệu có sẵn, các nhà nghiên cứu có thể zoom cận cảnh phần gốc của cây tiến hóa loài người.
Rõ ràng là tổ tiên của chúng ta phân tán bắt nguồn từ một khu vực phía nam sông Zambezi. Điều này phù hợp với dữ liệu địa lý, khảo cổ và khí hậu. Thực tế là khu vực này từng là một vùng đất ngập nước màu mỡ vào thời điểm những con người hiện đại đầu tiên xuất hiện.
Bằng chứng địa chất cho thấy vào thời điểm tổ tiên loài người sinh sống, hồ Makgadikgadi thời tiền sử từng là một khu vực vô cùng rộng lớn trong suốt hàng triệu năm. Sau đó, nó bắt đầu bị chia rẽ do đất bồi. Từ đó tạo thành một vùng đất ngập nước rộng lớn, lý tưởng cho sự sống.
Nhưng nếu vùng đất đó thật sự lý tưởng thì tại sao tổ tiên của chúng ta lại đi khám phá những nơi khác trong khoảng 130.000 đến 110.000 năm trước đây, đầu tiên là về phía đông bắc và sau đó về phía tây nam?
Dữ liệu khí hậu cho thấy vào khoảng thời gian đó, khu vực này đã phải trải qua một đợt hạn hán kéo dài. Đáng chú ý, khoảng 130.000 năm trước độ ẩm ở phía đông bắc tăng và 110.000 năm trước trường hợp tương tự cũng xảy ra ở phía tây nam. Các nhà nghiên cứu suy đoán điều kiện khí hậu này sản sinh những thảm thực vật tươi tốt lôi kéo tổ tiên của chúng ta rời bỏ quê hương.
Ngoài ra, dữ liệu di truyền cũng cho thấy những người di cư đến phía nam tiếp tục sinh sống tại khắp bờ biển phía nam châu Phi, với nhiều quần thể phụ và dân số tăng trưởng rất nhanh. Phát hiện khảo cổ từ các hang động Blombos ở Nam Phi cho thấy khu vực này chứa nhiều bằng chứng thể hiện hành vi nhận thức của con người xuất hiện sớm nhất là 100.000 năm trước.
Điều này cũng tạo điều kiện cho các nhà nghiên cứu có thêm suy đoán về sự tồn tại của những người di cư ở phía nam, nhờ áp dụng được những kỹ năng của mình trước sự phong phú của các sinh vật đại dương.
Những "nhà thám hiểm" đầu tiên này để lại một số thành viên tại quê hương, những người vẫn sống trong vùng đất tổ tiên ngày nay, đã thích nghi được với vùng địa chất khô hơn nhiều so với trước đây.