Trước đó, Bảo hiểm xã hội TP Cần Thơ đã có kết luận kiểm tra tại Bệnh viện Y học cổ truyền, cho thấy trong năm 2012 có tới 63 bệnh án mà bệnh viện đã tẩy xóa tên trên các kết quả xét nghiệm (huyết học và nước tiểu), có hồ sơ bệnh án ghi tên của bệnh nhân này nhưng kèm theo phiếu xét nghiệm của bệnh nhân khác.
Như vậy các kết quả xét nghiệm này chỉ để đối phó chứ không phục vụ công tác điều trị bệnh nhân.
Một sai phạm khác là nhiều hồ sơ bệnh án của quý 1/2012 ở bệnh viện có phiếu xét nghiệm nước tiểu của các bệnh nhân sao chép giống hệt nhau về chỉ số (theo giải thích của khoa xét nghiệm là do máy hư nên xét nghiệm làm bằng tay hoặc không lấy được nước tiểu của bệnh nhân).
Bệnh viện cũng đã kê toa thuốc sai so với danh mục đã thống nhất, chỉ định các dịch vụ kỹ thuật ngoài danh mục thống nhất, nhiều chi phí thanh toán bệnh nhân ngoại trú và nội trú không hợp lý (trong năm 2012, bệnh viện có 89 hồ sơ bệnh nhân nhập viện vào ngày thứ bảy, chủ nhật nhưng không phải là bệnh cấp cứu phải nằm viện và trong diện thanh toán bảo hiểm).
Nhiều trường hợp bệnh nhân nằm điều trị dài ngày, vượt quá quy định thanh toán bảo hiểm y tế nhưng bệnh viện đã lập hàng loạt bệnh án khống để đối phó nên theo hồ sơ bệnh án, nhiều trường hợp bệnh nhân vừa ra viện lại nhập viện ngay trong ngày.
Đoàn kiểm tra của Bảo hiểm xã hội đã thống nhất không chấp nhận thanh toán số tiền trên 1,2 tỷ đồng (chi phí bảo hiểm y tế năm 2012) của bệnh viện này và yêu cầu tiếp tục làm rõ có hay không việc kê khống để trục lợi.