BV Nhi đồng mới có quy mô 939 giường bệnh, gồm một tầng hầm, khối cận lâm sàng ba tầng với chiều cao 23 m, khu nội trú tám tầng với chiều cao 43,6 m. Các công trình phụ gồm khu lây nhiễm, khu chứa rác, khu xử lý nước thải, trạm khí y tế, trạm biến áp, các nhà bảo vệ, nhà chứa ôxy lỏng, quy mô từ một đến ba tầng. Đặc biệt, BV Nhi đồng mới sẽ có bãi trực thăng để phục vụ việc di chuyển nhanh bệnh nhân cấp cứu; bãi đậu ô tô, xe máy và các sân chơi cho trẻ em.
Tổng diện tích xây dựng của dự án gần 125.000 m2, kinh phí thực hiện gần 5.500 tỷ đồng. Trước đó dự án san lấp mặt bằng chuẩn bị cho việc xây dựng mới BV Nhi đồng TP.HCM đã được khởi công vào tháng 7/2013.
BV Nhi đồng TP.HCM là một trong năm bệnh viện thuộc đề án “Đầu tư xây dựng mới năm bệnh viện, viện tuyến trung ương và tuyến cuối đặt tại TP.HCM” được Chính phủ phê duyệt với mục tiêu đầu tư theo hướng hiện đại, kỹ thuật cao, ngang tầm các nước tiên tiến trong khu vực.