Theo đó, từ tháng 9/2012 đến tháng 10/2013, công ty TNHH MTV Môi trường đô thị Nha Trang bồi dưỡng chế độ độc hại cho công nhân bằng sữa với mức 10.000 đồng/người/ngày. Trong cả ba đợt mua sữa, thanh tra phát hiện đều có chuyện gian lận, gây thiệt hại cho ngân sách và quyền lợi của công nhân tổng cộng trên 457 triệu đồng.
Thanh tra tỉnh Khánh Hòa cũng kết luận trong hai năm 2012 và 2013, Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị Nha Trang đã quyết toán khống việc bón phân thảm cỏ trên 408 triệu đồng. Trong đó công ty đưa vào thu nhập doanh nghiệp, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 102 triệu đồng, số tiền 306 triệu đồng còn lại là thanh toán sai quy định.
Ngoài ra, trong công tác duy trì điện chiếu sáng công cộng, công ty không có số liệu ghi chép về kiểm tra thông số của trạm nhưng vẫn quyết toán hơn 1,4 tỷ đồng, trừ khoản thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 355 triệu đồng, hơn 1 tỷ đồng còn lại là quyết toán không đảm bảo thủ tục.
Trong việc chi lương cho viên chức quản lý (gồm nguyên Giám đốc Lương Khánh Thuận, nguyên Phó giám đốc Nguyễn Đăng Khoa, khối cán bộ văn phòng) cũng có sai phạm. Trong hai năm 2012 và 2013, quỹ lương cho viên chức quản lý mà công ty đã chi hơn 3,6 tỷ đồng, vượt trên 1,6 tỷ đồng so với quỹ lương kế hoạch được phê duyệt, dẫn đến việc giám đốc, phó giám đốc nhận lương “khủng”.
Tháng 4/2013, lãnh đạo của công ty hoàn trả 987 triệu đồng lương viên chức quản lý nhận sai chế độ trước đó, hiện khoảng 638 triệu đồng chưa thu hồi. Theo thanh tra, công ty còn trích lập dự phòng quỹ tiền lương năm 2013 sai quy định, làm tăng chi phí bất hợp lý gần 2,4 tỷ đồng, gây thất thu thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 598 triệu đồng...
Thanh tra tỉnh Khánh Hòa kiến nghị chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa xử lý trách nhiệm đối với giám đốc, phó giám đốc và nhiều cán bộ của Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị Nha Trang.
