Ngoài rất nhiều bàn thắng đẹp và những màn trình diễn siêu hạng, lịch sử World Cup cũng không thiếu vết nhơ và tranh cãi đáng nhớ.
Một cầu thủ nhận 3 thẻ vàng (World Cup 2006): Trong trận đấu giữa Australia và Croatia, trọng tài Graham Poll để lại ấn tượng xấu khi rút 3 chiếc thẻ vàng đối với Josip Simunic của ĐT Croatia. Ông trọng tài người Anh quên đuổi Simunic ra khỏi sân khi tặng anh tấm thẻ thứ hai và chỉ nhớ ra điều này khi rút tấm thẻ thứ ba. Hậu quả là Graham Poll không bao giờ được bắt trận World Cup nào nữa.
Cú thiết đầu công của Zidane (World Cup 2006): Sự kiện nữa có liên quan đến người Italy khi Materazzi bị Zidane húc thẳng vào ngực. Zidane sau đó nhận thẻ đỏ, còn Materazzi cùng đồng đội lên ngôi sau khi thắng Pháp trong loạt luân lưu. Về sau, Zidane tiết lộ ông không kiềm chế được khi Materazzi có những lời lẽ xúc phạm đến chị gái ông.
Trọng tài thiên vị Hàn Quốc (World Cup 2002): Chiến tích lọt vào bán kết của ĐT Hàn Quốc được cho là có dấu ấn lớn của trọng tài. Ở trận đấu vòng 1/8 giữa Hàn Quốc và Italy, trọng tài chính Byron Moreno đưa ra nhiều quyết định bất lợi cho Italy mà khởi đầu là thẻ đỏ đuổi Totti vì lỗi ăn vạ (dù băng quay chậm cho thấy anh bị phạm lỗi). Sang hiệp phụ, Moreno tiếp tục không công nhận bàn thắng hợp lệ của Italy. ĐT Hàn Quốc sau đó thắng 2-1, và trọng tài Moreno phải chịu hàng loạt cáo buộc dàn xếp tỷ số.
Bàn tay của Chúa (World Cup 1986): Đây xứng đáng là sự kiện gây tranh cái nhất các kỳ World Cup. Maradona nhảy lên tranh chấp bóng bổng với thủ thành Shilton nhưng thay vì đánh đầu, ông dùng tay đánh trái bóng vào khung thành. Các trọng tài công nhận pha lập công mặc cho sự phản đối kịch liệt từ người Anh. Tuy vậy, kết quả không thể thay đổi và Argentina đi tiếp, sau đó là vô địch. Trận đấu ấy cũng chứng kiến khoảnh khắc thiên tài của Maradona khi ông có pha đi bóng qua hàng loạt cầu thủ Anh cùng thủ thành Shilton trước khi ghi bàn.
Đức, Áo bắt tay loại Algeria(World Cup 1982): Các trận lượt cuối của vòng bảng vẫn chưa được tổ chức cùng thời điểm như bây giờ, và đó là cơ hội để các đội thể hiện những toan tính thiếu công bằng. Năm ấy, nếu ĐT Áo hòa hoặc thắng Đức, thì Đức sẽ bị loại, nhưng nếu thua Đức trên 3 bàn sẽ bị loại. Cuối cùng hai đội dàn xếp để Đức thắng Áo 1-0, qua đó loại Algeria khỏi World Cup. Đáng nói là sau khi Đức ghi bàn, 2 đội đá như đi chơi và chuyền qua chuyền lại bóng cho nhau. Sau giải, Algeria tố cáo vấn đề này lên FIFA, và giải đấu có quy định những trận cuối vòng bảng phải diễn ra cùng giờ như hiện nay.
Schumacher triệt hạ Battiston (World Cup 1982): Ở trận đấu giữa Tây Đức và Pháp, Battiston đón đường chọc khe thuận lợi để đối mặt với thủ thành Schumacher. Schumacher lao ra cực nhanh và thay vì một tình huống cản phá hợp lệ, ông lao thẳng vào cầu thủ mới vào sân của Pháp. Battiston lập tức bất tỉnh, gãy răng và được đưa đến bệnh viện, trong khi Schumacher không hề bị trọng tài thổi phạt.
Peru giúp Argentina loại Brazil (World Cup 1978): Giải thi đấu theo thể thức 2 đội đứng đầu 2 bảng sẽ đá chung kết. Argentina và Brazil chung bảng, có cùng điểm số trước lượt trận cuối và người Argentina hiểu chỉ có cách biệt về hiệu số bàn thắng-thua mới giúp họ đi tiếp. Khi tỷ số là 2-0 cho Argentina, Peru đá như thể dâng chiến thắng cho Argentina, và cuối cùng trận đấu kết thúc với tỷ số 6-0. Brazil tức tưởi bị loại, trong khi Argentina năm đó vào chung kết và vô địch giải đấu.
Chung kết World Cup 1966: Khi tỷ số đang là 2-2, Geoff Hurst của tuyển Anh sút bóng đi trúng xà ngang và đập đất. Trọng tài chính không rõ bóng đá lăn qua vạch vôi hay chưa và tham khảo trọng tài biên Tofik Bakhramov. Ông Bakhramov cho rằng đó là bàn thắng, dù sau trận chung kết chính ông thừa nhận ông tưởng rằng trái bóng đi tung nóc lưới và đập đất chứ không hề biết là bóng chạm xà.
Hỗn chiến Santiago(World Cup 1962): Đây có lẽ là trận đấu bạo lực nhất trong lịch sử World Cup khi Italy và Chile thay vì đá bóng đã sử dụng bạo lực với nhau trong suốt 90 phút của trận đấu. Ngay từ phút 12, có một cầu thủ phải nhận thẻ đỏ. Suốt khoảng thời gian còn lại, 2 đội đá bóng bạo lực và có nhiều tình huống trận đấu bị tạm dừng để cầu thủ 2 bên lao vào ẩu đả. Thậm chí, cảnh sát phải can thiệp vào trận đấu không dưới 4 lần.
Italy xúc phạm cổ động viên Pháp (World Cup 1938): Giải đấu diễn ra trước Thế chiến thứ 2. Italy khi ấy đến Pháp đá World Cup và thay vị mặc trang phục trắng như được yêu cầu, độc tài Mussolini đã bắt các cầu thủ mặc áo đen như một biểu tượng của phát-xít. Hành động này bị coi là sự xúc phạm với các cổ động viên trên khán đài khi có những tiếng la ó, sự giận dữ kéo dài suốt cả trận. Cuối cùng Italy thắng trận và cũng vô địch luôn giải đấu năm đó.
Phát biểu trong buổi họp báo mới nhất, thuyền trưởng của Les Bleus cho biết ông tin rằng một ngày nào đó Zinedine Zidane sẽ thay ông dẫn dắt đội tuyển quốc gia Pháp.
World Cup 1954 tổ chức ở Thụy Sĩ ghi dấu sự vươn lên của Đức trên bản đồ bóng đá thế giới với lần đầu giành cúp vàng, sau khi ngược dòng thắng Hungary 3-2 trong trận đấu kịch tính.